Comme beaucoup d'autres MMORPG, FlyFF utilise un système de classe où vous commencez comme débutant. Tout nouvel aventurier dans le monde de Madrigal débute en tant que Vagabond. Votre but est alors de vous familiariser avec le monde de FlyFF et d'acquérir de l'expérience en tuant des monstres afin de monter en niveau. Une fois le niveau 15 atteint, vous aurez la possibilité de changer de classe, pour devenir Acrobate, Acolyte, Magicien(ne), ou Mercenaire. Chaque classe possède sa panoplie de compétences et de capacités.

Une fois que votre personnage est de niveau 60, vous devez choisir votre classe finale. Un Acrobate peut devenir Jester ou Ranger. Un Acolyte peut s'orienter vers Moine ou Prêtre. Un Magicien peut devenir un Elementaliste ou un Sorcier. Enfin, un Mercenaire à le choix entre Chevalier ou Assassin.